O farmacêutico hospitalar é o responsável pelas atividades da farmácia de um hospital. Tem as funções básicas de selecionar (padronizar), requisitar, receber, armazenar, dispensar (conforme a evolução do sistema, em dose coletiva, individual ou unitária) e controlar os medicamentos (tanto os controlados por lei, quanto os antimicrobianos), observando os ensinamentos da farmacoeconômia, farmacovigilância e das boas práticas de armazenamento e dispensação.

Em hospitais onde há serviços de manipulação de medicamentos, o farmacêutico é o responsável, aplicando o ensinamento da farmacotécnica e das boas práticas de manipulação. Ele ainda integra algumas comissões hospitalares, como CCIH (comissão de infecção hospitalar) e CFT (comissão de farmácia e terapia).

As atribuições clínicas do farmacêutico visam à promoção, proteção e recuperação da saúde. São atribuições clínicas do farmacêutico estabelecer e conduzir uma relação de cuidado centrada no paciente, segundo preceitos profissionais e bioéticos, e participar da avaliação da farmacoterapia.

Ele deve contribuir para que o paciente utilize os medicamentos nas doses, vias de administração e duração adequadas e de forma segura, pois assim ele terá condições de realizar o tratamento conforme recomendado pela equipe de saúde.